元海洋同盟の最年少司令官ローワン・ケインは、5年前に罠にはまり「溺れし裏切り者」の汚名を着せられ、身を潜めていたが、命の恩人エラーラがヴェイン・コンソーシアムに狙われ、絶体絶命の危機に陥る。彼女を救うため、ローワンは伝説の機体リヴァイアサン・ゼロと共に覚醒し、正体を明かして戦場へ帰還。やがて彼は、企業が怪獣を放った陰謀と、死んだはずの妹ミアが生体コアにされたという衝撃の事実に直面する。