戦死した司令官の遺児、ケイド・マーサー。彼は悪名高い「黒い彗星」として素性を隠していたが、ヴォイド・プリンスの陰謀を阻止し、王立艦隊の指揮権とライラ姫との望まぬ婚約を手にする。しかし、彼の血でのみ開錠可能な「スターマップの鍵」を狙う継母ヴェスパーの策略で、正体を暴かれ罠にはめられてしまう。侵略の危機が迫る中、復讐を捨て任務を選んだケイドは、追放された辺境艦隊を率いて人々を救うため立ち上がる。やがてライラと協力し、陰謀を砕き、母の仇を討ち、スター・アライアンスを守り抜く。