ブラック・タイド号での任務が裏切りに終わり、組織を追われる身となったCIAエージェントのケイン・リード。彼は自由抵抗軍のリーダー、レナ・ボスと手を組む。独裁者と古巣のCIAから追われながら、二人は世界的な武器密売の陰謀を暴いて自律型戦闘兵器を破壊し、予期せぬ互いへの想いを乗り越えることができるのだろうか。