元CIA技術顧問イーサンは、核心技術「スーパー量子」を元恋人ヴァレンティナとダミアンに奪われる。元モサド情報員ミアと手を組み、「アイギス計画」を再始動した彼は反撃を開始。暗殺計画すら利用し、全米中継で自らの“死”を演出する。やがて軍需企業ヴェインを倒し、巨額の国防契約を餌にヴァレンティナを破滅へ追い込む。世界軍需サミットで真相を暴いたイーサンは、奪われたすべてを取り戻し、ミアと新たな未来へ進む。