若き船乗りイーサン・レインは、実の叔父レックスに裏切られ、荒れ狂う嵐の海へと投げ落とされる。絶体絶命の淵で呪われた海皇の娘シーヤを救い出した彼は、「海神の羅針盤」を目覚めさせ、沈没船や亡霊艦隊を召喚する力を手に入れる。宝船を携えて戻り、復讐に乗り出したイーサンは、闇市での駆け引きや海獣との激闘を経て、王国海軍大将アイアンクラウンによる海皇殺害の恐るべき陰謀を暴いていく――。