2060年、落ちこぼれの烙印を押された混血の少年アクセルは、ミュータントの世界で人間の母と過酷な暮らしを送っていた。彼の超人的な力は目覚めていたが、三人の師によって封印されている。昇格試験への参加を強いられたアクセルは力を解放し、ライバルたちを打ち倒す。人類とミュータントの戦争が勃発すると、彼はDNAをめぐる陰謀を暴き、二つの世界をひとつに結びつける。